Saliendo desde Puerto Yungay**:
Saliendo desde Puerto Yungay, luego de 2 horas de navegación, accederemos a Caleta Tortel, con una escala de 1 hora, para permitir el embarco y desembarco de pasajeros y carga. En este poblado no existen calles (sólo pasarelas peatonales), por lo que no es posible desembarcar con vehículos.
Luego de 12 horas de navegación y cruzando la Angostura Inglesa, se accede a Puerto Edén, pequeño pueblo que alberga a los últimos descendientes de la cultura Kaweskar. En este puerto se hace una escala de 2 horas para carga y descarga, el cual permite recorrer sus tradicionales pasillos de madera. Tampoco es posible el desembarco de vehículos, ya que no existen calles.
A 27 horas de navegación desde Puerto Edén y a 44 horas desde el zarpe en Puerto Yungay, y previo paso por Angostura el Kirke, se arriba a Puerto Natales, ciudad que se encuentra a 250 km al norte de Punta Arenas, capital de la región de Magallanes, por vía terrestre, a través de la Ruta 9.
Saliendo desde Puerto Natales:
En el sentido inverso, se zarpa desde Puerto Natales con escalas en Puerto Edén y Caleta Tortel, con paradas de dos horas y una hora, respectivamente. Cada semana la nave recorre, aproximadamente, 770 kilómetros por sentido, es decir 415 millas náuticas, que unirá en alrededor de 44 horas las dos regiones.
Es un viaje de 41 horas en el que el ferry Crux Australis pasará por bellas postales de los canales Patagónicos, que podrán disfrutar durante todo el viaje.